《轩辕剑5》除了传承原本一贯的世界架构之外，还加入了古籍“山海经”作为新的故事背景。“山海经”是中国许多神话故事的源头，也是最古老的地理人文志，叙述远古时代中国境内各种不同的种族与地理环境，包含了庞大丰富的神秘奇幻要素，其中收录的许多种族与国家都会在游戏中出场。
游戏本作的主角名为陆承轩，从小就拥有着强大的力量，可是不懂得控制，被周遭的人当成怪物般的看待，导致有着缺乏自信、犹疑且不轻易吐露心声的性格。女主角夏柔实则是名体内蕴藏有相当强的灵力的少女，个性温柔娴静，聪慧坚强，带领着族人勇敢面对他族的侵略。
