《波斯王子3：王者无双》是设定在《时之沙》之后的故事，讲述波斯王子与爱人Kaileena从时之岛回到了巴比伦。岂料巴比伦如今正发生战争，而波斯王子则被视为敌人。由于波斯王子被逮捕，Kaileena无奈之下只有再度使用时之沙，希望救回王子、虽然王子获救，却也因此成为逃犯，被全国通缉。
更加糟糕的时，王子发现过去的战斗令他的体内产生了邪恶的灵魂的波斯王子。阴暗王子的出现让育碧公司加入了一个双人游戏模式。光明王子看起来与阴暗王子明显不同，更象是时之沙中长大后的王子。依然敏捷技能出众，这不大的双刃武器更他更加诡异多变。他可以双手持刀，投掷其一，或双刀作战。阴暗王子不仅外表更暗，发光的眼睛，阴冷的服装。动作也更富于侵略性，随时准备给予人类致命一击。
